Фамилия Авдонен — редкий для русского уха пример фамилии, построенной по белорусской модели с суффиксом -ен. Если бы фамилия была русской, она, скорее всего, звучала бы как Авдонов или Авдонин. Суффикс -ен (как, например, в фамилиях Ковален, Шевчен) указывает на западнорусское или белорусское происхождение, часто из крестьянской или мещанской среды, где фамилии оформлялись по местным говорам.

В основе фамилии лежит крестильное имя Авдон. Это редкое каноническое имя древнееврейского происхождения, означающее «раб», «слуга» (в смысле «слуга Божий»). В святцах оно встречается, но широкого распространения в народе не получило, поэтому фамилия Авдонен — штучный товар. Скорее всего, её родоначальник был человеком по имени Авдон, а его потомков в деревне называли «Авдоненковы», то есть «дети Авдона», что со временем сократилось до Авдонен.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и не напрямую от имени, а от прозвища Авдоня — так в некоторых говорах могли называть человека за медлительность или угрюмость (от диалектного «авдониться» — хмуриться). Однако версия с церковным именем выглядит надёжнее, так как прозвищная основа в данном случае не имеет устойчивой фиксации в словарях. Географически фамилия тяготеет к Витебской и Могилёвской областям, а также к приграничным районам Смоленщины.

Написание фамилии устойчиво: ударение, скорее всего, падает на последний слог — Авдоне́н, что характерно для белорусской акцентологии. Встречаются варианты с удвоенной «н» (Авдоннен), но это результат канцелярской ошибки, а не исторически сложившаяся форма.