Фамилия Авнер — редкий пример фамилии, которая почти целиком состоит из корня, без типичных русских суффиксов. С точки зрения словообразования, это застывшая форма личного имени, а не прозвища или профессии. Основа здесь — мужское библейское имя Авнер (в синодальной традиции чаще Авенир), которое в переводе с древнееврейского означает «отец — свет» или «отец мой — светильник». В Ветхом Завете Авнер — военачальник царя Саула, что придаёт имени дополнительный вес.

Отсутствие фамильного суффикса (типичных -ов, -ин, -ский) указывает на нерусское происхождение. Скорее всего, фамилия Авнер — это либо искусственное образование, либо передача фамилии из идиша или иврита. У еврейских фамилий, особенно у ашкеназов, была распространена модель, когда имя отца или предка становилось фамилией без дополнительных окончаний. Так, Авнер мог закрепиться за потомками человека по имени Авнер или Авенир.

В Российской империи фамилия Авнер встречалась преимущественно в черте оседлости, в документах конца XIX — начала XX века её фиксировали в Волынской, Подольской и Киевской губерниях. Встречается она и у греков Приазовья, но там, скорее всего, это вариант фамилии Авнери, связанный с греческим именем Авнер. Русское дворянство или крестьянство такую фамилию почти не знало — она оставалась маркером определённой культурной среды.

Интересно, что в дореволюционных метрических книгах фамилию могли записывать двояко: Авнер и Авенир. Разницы в значении нет, но второй вариант ближе к церковнославянскому произношению. В советское время фамилия стала ещё реже: многие носители сменили её на более «русские» варианты, например, Авнеров, или просто русифицировали имя. Сегодня Авнер — одна из тех фамилий, по которой почти сразу можно определить, что предок нёс библейское имя и жил в среде, где фамилии образовывали без суффиксов.