Фамилия Автюшков образована от просторечной формы крестильного имени Автий. В основе лежит греческое имя Авдей (в переводе — «служитель Бога»), которое в народном произношении дало варианты Авдей, Авдюша, а также — через замену звуков и под влиянием других имен — Автюш. Уменьшительно-ласкательный суффикс -юш- (как в именах Ванюша, Танюша) указывает на то, что прозвище или домашнее имя Автюш носил скорее ребенок или младший член семьи. Позже, когда имя закрепилось за взрослым, к нему присоединили типичный русский фамильный суффикс -ов, обозначающий принадлежность: «чей?» — Автюшков, то есть сын или потомок Автюша.

Интересная деталь: фамилия Автюшков встречается почти исключительно в южных и центральных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях. Это не случайно — именно там в XVII–XVIII веках была распространена форма Автюш вместо более привычного Авдюш. Связано это с местными особенностями произношения: глухой звук «т» вытеснил звонкий «д» в безударном положении, что закрепилось в документах.

В отличие от фамилий на -ин (Автюшкин), форма на -ов встречается чаще, так как исходное имя Автюш оканчивалось на твердый согласный. По той же модели образованы родственные фамилии Авдюшков, Авдеев, Авдюхин. Однако Автюшков стоит особняком: в ней сохранился редкий вариант произношения, который почти не встречается в других именах (ср. Артюшков от Артемий, но там другая основа). Это делает фамилию ценной для историков языка — она фиксирует живую народную речь, не попавшую в церковные святцы.

Сословно носители фамилии в основном принадлежали к крестьянству и мещанству. В ревизских сказках XIX века Автюшковы часто записаны как государственные крестьяне, реже — как однодворцы (потомки служилых людей, охранявших южные границы). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение.