Фамилия Аяпергенов — редкий пример, где корень, суффикс и даже ударение вызывают вопросы. Сразу бросается в глаза необычный для русских фамилий финал «-генов». В русской модели фамилии чаще образуются от полных имен (Иванов) или прозвищ с суффиксами -ов/-ев, -ин. Здесь же мы видим основу, которая не укладывается в славянскую лексику.

Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная русским окончанием -ов. Разберем основу «Аяперген». Она отчетливо делится на две части: «Ая» и «перген». Первая часть, «Ая», в тюркских языках (особенно в казахском, киргизском, туркменском) означает «луна», «месяц» или, в переносном смысле, «светлый», «чистый», «святой». Это частый компонент в личных именах и прозвищах.

Вторая часть сложнее. Вариант «перген» может восходить к тюркскому «берген» — «дал», «дарованный». В таком случае «Аяперген» (или «Аяберген») переводится как «данный луной», «луной дарованный» — типичное для кочевых народов имя-оберег, где ребенка называли в честь небесного светила, чтобы защитить от злых сил. Однако есть и другая версия: «перген» может быть искажением от «пер» (сравните с персидским «пар» — «кусочек», «часть») или от «берк» — «крепкий», «прочный». Тогда имя означало бы «лунная крепость» или «лунный кусочек». Первая версия (от «берген») выглядит более убедительной, так как модель «имя + берген» — одна из самых распространенных в казахской и каракалпакской антропонимии (сравните: Куандыкберген, Жолберген).

Фамилия Аяпергенов — это русифицированная форма отчества от имени Аяперген. Носители такой фамилии, скорее всего, происходят из среды тюркоязычных народов Средней Азии, преимущественно казахов или каракалпаков. В русском языке фамилия получила стандартное окончание -ов, что и закрепилось в документах. Географически фамилия встречается в Казахстане, в приграничных с ним регионах России (Астраханская, Оренбургская области) и среди диаспор.

Словообразовательный суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Аяпергенов — сын Аяпергена. Сама фамилия не говорит о дворянском или крестьянском происхождении для русского уха, но в тюркской среде она могла принадлежать как рядовому скотоводу, так и представителю родовой знати — имя не было сословно ограничено.