Фамилия Айбердин — один из тех случаев, когда география и этнический состав носителей подсказывают разгадку быстрее, чем корнесловный разбор. Если посмотреть на карту расселения, ядро фамилии находится на Южном Урале и в Оренбуржье, в зоне исторического расселения башкир и татар. Это сразу же заставляет искать основу не в славянском, а в тюркском именослове.

Первое, что бросается в глаза — формант «-дин» на конце. В русских фамилиях, образованных от полных имен (Иван — Иванов), такого окончания нет. Зато в татарских и башкирских фамилиях, прошедших русификацию, суффикс «-ин» (по русской модели) мог присоединяться к основе, оканчивающейся на «-дин». Наиболее вероятная версия: фамилия происходит от тюркского личного имени Айберды. Оно составное: «ай» (луна, месяц — частый компонент в тюркских именах, символ красоты и света) и «бирде» (дал, подарил). Таким образом, Айберды означает «луна подарила» или «подаренный луной». Такие имена давали ребенку, родившемуся в ясную лунную ночь, или как пожелание счастливой судьбы. При адаптации в русской среде имя Айберды превратилось в фамилию Айбердин по модели «чей?» — Айбердин, то есть сын Айберды.

Есть и менее очевидная версия, которую выдвигают некоторые исследователи топонимики. В отдельных говорах русского Севера словом «айберда» могли называть бродягу, шатуна. Однако эта гипотеза не выдерживает проверки географией: фамилия Айбердин практически не встречается в архангельских или вологодских писцовых книгах, зато плотно представлена в метрических записях Оренбургской губернии XIX века, где её носили крещеные татары и башкиры-тептяри. Поэтому тюркская версия остается основной.

Примечательно, что фамилия сохранила исходное ударение на последний слог (Айберди́н), что характерно для тюркских заимствований, не успевших обрусесть до конца. Встречается также вариант написания Айбирдин — через «и» в первом слоге, что отражает диалектное произношение основы. Сословно предки Айбердиных в большинстве своем относились к государственным крестьянам или тептярям — особой категории населения Урала, платившей подати, но не приписанной к дворянству или казачеству.