Фамилия Айдаргалин звучит непривычно для центральной России, и это не случайно: её география и корни уводят на южный Урал и в казахские степи. Это типичный пример фамилии, образованной от тюркского имени по русской словообразовательной модели.

В основе лежит мужское имя Айдаргал (или Айдаргали). Оно составное, типичное для тюрко-монгольской ономастики. Первая часть — «айдар» (в переводе с казахского и башкирского — «чуб», «хохол», «коса»; так называли мальчика, которому в детстве не стригли прядь волос, часто в обетных или охранительных целях). Вторая часть — «гали» (араб. «высокий», «великий», восходит к имени Али). Таким образом, имя Айдаргали — это сложное имя с пожеланием силы и величия, связанное с внешним признаком или оберегом.

Русский суффикс -ин присоединили к основе Айдаргал-, что дало форму «Айдаргалин». Для фамилий, образованных от тюркских имен, это обычный путь: суффикс -ин (а не -ов) часто указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий или шипящий согласный, как в фамилиях Каримов — Каримин, Ишмухаметов — Ишмухаметин. В данном случае конечный мягкий «л» в имени Айдаргал потребовал именно этого суффикса. Фамилия буквально означает «потомок Айдаргала» или «принадлежащий Айдаргалу».

Встречается фамилия преимущественно у башкир и татар, а также у казахов, чьи предки получили паспорта в русской административной системе. Распространена в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Сословно предки Айдаргалиных, скорее всего, относились к башкирским или татарским тептярям, государственным крестьянам или казакам — то есть не к дворянству, а к податным или служилым слоям, где фамилии закрепились относительно поздно, в XIX веке.

Если сравнивать с близкими фамилиями, то Айдаргалин стоит в одном ряду с Айдаров, Айдаровский, Айдарханов, но выделяется именно редкой формой на -ин, а не на -ов, что делает её особенно характерной для южноуральского региона.