Фамилия Айдаргалин звучит непривычно для центральной России, и это не случайно: её география и корни уводят на южный Урал и в казахские степи. Это типичный пример фамилии, образованной от тюркского имени по русской словообразовательной модели, но с характерной региональной особенностью — суффиксом -ин, а не более привычным -ов.

В основе фамилии лежит мужское имя Айдаргал (или Айдаргали). Оно составное, что типично для тюрко-монгольской ономастики. Первая часть — «айдар» — в переводе с казахского и башкирского означает «чуб», «хохол» или «коса». Так называли мальчика, которому в детстве намеренно не стригли прядь волос; это делалось в обетных или охранительных целях, чтобы уберечь ребёнка от болезней или злых духов. Вторая часть имени — «гали» — арабского происхождения, означает «высокий», «великий» и восходит к имени халифа Али, почитаемого в исламе. Таким образом, имя Айдаргали — это сложное имя с пожеланием силы и величия, связанное с внешним признаком или оберегом.

Русский суффикс -ин присоединили к основе Айдаргал-, что дало форму «Айдаргалин». Выбор суффикса здесь не случаен. Для фамилий, образованных от тюркских имен, это обычный путь: суффикс -ин (а не -ов) часто появляется, когда основа оканчивается на мягкий или шипящий согласный. Сравните: Каримов — Каримин, Ишмухаметов — Ишмухаметин. В данном случае конечный мягкий звук «л» в имени Айдаргал потребовал именно этого суффикса. Фамилия буквально означает «потомок Айдаргала» или «принадлежащий Айдаргалу».

Встречается фамилия преимущественно у башкир и татар, а также у казахов, чьи предки получали паспорта в русской административной системе. Основной ареал — Оренбургская и Челябинская области, а также Республика Башкортостан. Сословно предки Айдаргалиных, скорее всего, относились к башкирским или татарским тептярям, государственным крестьянам или казакам. Это не дворянство, а податные или служилые слои, у которых фамилии закрепились относительно поздно, в XIX веке, когда имперская бюрократия начала массово фиксировать инородческое население.

Если сравнивать с близкими фамилиями, то Айдаргалин стоит в одном ряду с Айдаров, Айдаровский, Айдарханов. Но выделяется именно редкой формой на -ин, а не на -ов. Это делает её особенно характерной для южноуральского региона, где смешение тюркских имён с русскими патронимическими суффиксами давало такие локальные варианты.