Фамилия Айденов — редкий случай, когда тюркская основа встретилась с русским патронимическим суффиксом. Исходное имя Айден (или Айдын) в переводе с тюркских языков означает «светлый», «лунный», «ясный». В турецком, татарском, казахском и других тюркских языках слово «ай» — луна, а «айдын» — освещённый луной, светлый. Так могли назвать ребёнка с надеждой на светлую судьбу или в честь ясной ночи. Фамилия образована по продуктивной модели: к основе Айден добавили русский суффикс принадлежности -ов, который указывает на потомка: «чей?» — Айденов, то есть сын или внук Айдена.

Сложность в том, что ударение в фамилии не закреплено строго. В русском языке чаще ставят на первый слог — А́йденов, но носители из тюркоязычных регионов могут произносить с ударением на последний — Айденóв, следуя логике фамилий на -ов. Судя по географии, фамилия встречается в основном в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), на Северном Кавказе и в Средней Азии — там, где тюркские имена были распространены, а затем попали под русскую паспортную систему.

Родственные фамилии — Айденов, Айдынов, Айдинов — по сути, варианты одной основы. Но Айденов выделяется тем, что в его основе лежит не имя Айдын (с «ы»), а форма Айден, которая могла возникнуть под влиянием арабского или персидского произношения, либо как диалектный вариант. В любом случае, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, чьё личное имя Айден в XIX–XX веках записали в метрики или паспорт с русским окончанием.

О дворянстве или принадлежности к знатному роду говорить не приходится: фамилия явно крестьянская или мещанская, возникшая в поздний период, когда фамилии давали массово. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией в открытых источниках не зафиксировано — это редкая, локальная фамилия, сохранившая память о тюркском имени в русской огласовке.