Фамилия Айдеков — редкая, и её происхождение уходит корнями в тюркские языки. В основе, скорее всего, лежит личное имя Айдек, которое в разных тюркских наречиях может означать «лунный» или «светлый» (от «ай» — луна, месяц). Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Айдеков — это «сын Айдека» или «потомок Айдека». Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде крещёных тюркских народов или в результате межэтнических контактов, когда тюркское имя русифицировали при помощи суффикса принадлежности.

Обратим внимание на редкость самого имени Айдек. В отличие от широко распространённых Айдар, Айрат или Айнур, Айдек — форма, которая могла быть диалектной или уменьшительной. В некоторых тюркских языках суффикс -ек придаёт имени ласкательный оттенок, так что Айдек могло быть домашним, внутрисемейным прозвищем человека, которого звали, например, Айдар или Айтуган. В таком случае фамилия Айдеков — это не след официального документа, а прозвище, закреплённое в крестьянской среде.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Приуралья, где исторически жили татары, башкиры и чуваши, принимавшие православие. Встречается она и у калмыков — там корень «ай» тоже имеет значение «луна», но в сочетании с «дек» может означать «лунный свет» или «луноподобный». В любом случае, предок носителя фамилии был человеком, которого окружающие называли по какому-то «лунному» признаку: возможно, у него было светлое лицо, или он родился в полнолуние, или его имя просто содержало этот корень.

Словообразовательная модель фамилии — типичный для XIX века способ адаптации нерусских имён: тюркская основа плюс русский суффикс -ов. Это говорит о том, что фамилия оформилась уже после крещения предка, когда его потомкам нужно было записаться в ревизские сказки или метрические книги. Сословно Айдековы, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Айдеков стоит в одном ряду с Айдиновым, Айметовым и Айтугановым — все они образованы от имён с корнем «ай». Но Айдеков выделяется редкостью суффикса -ек, который в тюркской антропонимии встречается нечасто. Это делает фамилию ценной для локальной ономастики: она указывает на конкретную диалектную или семейную традицию имянаречения.