Фамилия Айдоглыева — женская форма, образованная от мужской Айдоглыев. Её основа — тюркское, скорее всего туркменское, имя Айдоглы (встречается также вариант Айдогды). Это имя составное: «ай» означает «луна» или «месяц», а «догды» — «родился», «взошёл». Буквальный перевод — «родился в месяц (луну)» или «лунный рождённый». В тюркской традиции такое имя давали ребёнку, появившемуся на свет в новолуние или в ясную лунную ночь, связывая рождение с благоприятным небесным знаком. Имя популярно у туркмен, встречается у азербайджанцев, узбеков и турок.

Фамилию построили по русской патронимической модели: к основе Айдоглы- добавили суффикс -ев. В русской ономастике этот суффикс присоединяют к тюркским основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный. Окончание -а указывает на женский пол. Таким образом, Айдоглыева — «дочь или жена Айдоглы». Мужской вариант Айдоглыев означает «потомок Айдоглы». Такая схема типична для фамилий, которые у тюркских народов начали русифицировать в XIX–XX веках, особенно при советской паспортизации 1920–1930-х годов.

В Туркменистане, откуда фамилия происходит вероятнее всего, имя Айдогды встречается нередко, а фамилии на -ев стали массово фиксировать именно в те годы. Из-за особенностей произношения и региональных диалектов звук «д» в середине мог редуцироваться или выпадать, поэтому в документах фамилию записывали и как Айдогдыев, и как Айдоглыев. Встречается также вариант Айдогдылы (с тюркским суффиксом -лы, указывающим на принадлежность к роду или местности), но форма с -ев остаётся самой распространённой в русскоязычной записи.

Редкость фамилии в России и других славянских странах объясняется просто: она не славянская по корню и не прошла через массовую миграцию. Носительницы фамилии Айдоглыева — почти наверняка туркменки по происхождению, реже — азербайджанки или турчанки. Встречаемость в базах данных минимальна, что делает фамилию чётким маркером конкретного этнического и географического корня — Центральная Азия, южный берег Каспия.