Фамилия Айдонов звучит непривычно для русского уха, но по своей структуре она образована по самой стандартной модели: к основе добавляется суффикс -ов. Это отчество-притяжательное окончание, которое в русской традиции означает «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Значит, корень фамилии — личное имя или прозвище Айдон.

Откуда взялось имя Айдон? Самый прямой путь — из тюркских языков. В них «ай» означает «луна», а «дон» (или «тон») — «заря» или «рассвет». Вместе эти корни дают поэтичное значение «лунная заря» или «светлый, как луна». Так могли назвать ребёнка, родившегося на рассвете при луне, или дать прозвище красивому, светлолицему человеку. В татарской, башкирской, казахской среде такие двухкорневые имена с компонентом «ай» встречаются часто: Айдар, Айнур, Айгуль.

Есть и менее вероятная, но возможная версия — из греческого языка. В древнегреческой мифологии Аидон (или Аэдона) — имя дочери Пандарея, которую боги превратили в соловья. Но эта гипотеза слабая: фамилии с таким корнем почти не встречаются в славянских документах, а в русских семьях греческие мифологические имена давали крайне редко, обычно через церковные святцы (где такого имени нет). Поэтому тюркское происхождение намного правдоподобнее.

Географически фамилия Айдонов тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где веками жили татары и башкиры. Многие из них, переходя в православие или просто оформляя документы по-русски, получали фамилии на -ов от своих национальных имён. Так Айдон становился Айдоновым. Сословно это могли быть крестьяне, ремесленники или служилые люди — фамилия не указывает на дворянство, а значит, предки, скорее всего, были из податных сословий.

В написании фамилии встречается вариант Айдунов — с заменой «о» на «у» под влиянием диалектного произношения. Но основная форма — именно Айдонов, и она сохраняет исходное имя-основу без искажений.