Фамилия Айдонова — женская форма фамилии Айдонов. Её основа, Айдон, восходит к тюркскому мужскому имени Айдын (или Айдон в диалектном произношении). В тюркских языках «айдын» означает «светлый», «лучезарный», «ясный», а также «просвещённый». Имя было распространено у многих тюркских народов — от татар и башкир до казахов и народов Кавказа. Таким образом, предок носительницы фамилии мог получить имя Айдон как пожелание светлой судьбы или в честь яркого небесного светила.

Модель образования фамилии типична для русского языка, но с тюркским корнем. Суффикс -ов (в женском роде -ова) присоединился к основе Айдон, превратив личное имя в фамилию по отцу: «чей?» — Айдонов, то есть потомок Айдона. Такая схема массово закрепилась в XIX веке, когда русская администрация фиксировала фамилии для инородческого населения, особенно в Поволжье, на Урале и в Сибири. Поэтому географически фамилия Айдонова чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области и среди казахских родов, перешедших на русский фамильный суффикс.

Интересно, что в некоторых диалектах имя Айдон могло звучать как Айдан, и тогда фамилия Айдонова — результат фонетической адаптации при записи: звук «а» в безударной позиции перешёл в «о». Встречаются и варианты Айданова, Айдынова. В ономастике это не ошибка, а живое отражение местного произношения.

Социальный контекст фамилии прост: в основном она принадлежала крестьянам и сельским жителям, так как дворянские роды с тюркскими корнями обычно оформляли фамилии через -ский (например, Айдынский). Айдонова — фамилия «народная», без сословной окраски. Если искать предков, стоит обратить внимание на метрические книги мечетей и церквей Оренбургской губернии или Казанской губернии — там фамилия фиксировалась с середины XIX века.