Фамилия Аймакаев начинается с корня, который в тюркских языках означал не просто место, а целый общественный уклад. В основе лежит слово «аймак» — так у башкир, казахов и других кочевых народов называли родоплеменное объединение, административную единицу вроде волости или улуса, но с сильным родовым оттенком. Человек по прозвищу Аймак мог быть выходцем из крупного рода, старейшиной или просто тем, кого связывали с этой общиной. Редкость случая в том, что социальный термин перешёл сначала в личное имя, а затем в фамилию — в ономастических справочниках (например, в работах Гариповой или Кусимовой) это отмечают как пример нечастого перехода административной единицы в антропоним.

Модель образования фамилии типична для русского бытования тюркских имён: к основе Аймак приращивают суффикс -ев. Формант -ев присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на «к» (в этом случае «к» переходит в твёрдый звук, но на письме сохраняется). Выбор суффикса -ев, а не -ин, подтверждает, что исходное имя не заканчивалось на -а или -я, то есть это был мужской вариант. Фамилия буквально означает «принадлежащий Аймаку», то есть потомок человека с таким именем или прозвищем.

Географически фамилия чаще всего встречается среди башкир и татар, особенно в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. У казахов она тоже бытует, но заметно реже — у них однокоренные фамилии обычно оформляются иначе, например, как Аймаков. В русских документах XIX века написание могло колебаться: встречаются варианты «Аймакеев» или «Аймакаев» через «е» — это следствие диалектного произношения, когда безударный звук передавали на слух по-разному.

Имя Аймак не было личным в строгом христианском смысле: его давали либо как прозвище, либо как второе, «мирское» имя. После крещения часть носителей перешла в православие, но фамилия сохранила тюркский корень и не изменила формы.