Фамилия Аймакаев — одна из тех, чей корень уходит в тюркские языки, а точнее — в башкирскую и татарскую среду. В основе лежит имя Аймак, которое восходит к слову «аймак» — так в прошлом называли родоплеменное объединение, административную единицу у башкир, казахов и других кочевых народов. Примерно как «волость» или «улус», только с сильным родовым оттенком. Человек по прозвищу Аймак мог быть выходцем из крупного рода, старейшиной или просто тем, кого связывали с этой территориальной общиной.

Модель образования фамилии типична для русского бытования тюркских имен: основа Аймак плюс суффикс -ев. Формант -ев присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «к» (в этом случае «к» переходит в твёрдый звук, но на письме сохраняется). Фамилия буквально означает «принадлежащий Аймаку», то есть потомок человека по имени или прозвищу Аймак. Суффикс -ев, а не -ин, указывает на то, что основа не заканчивалась на -а/-я, что подтверждает мужской вариант имени.

Географически фамилия Аймакаев чаще всего встречается среди башкир и татар, особенно в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у казахов, но реже — у них фамилии с таким корнем обычно оформляются иначе (например, Аймаков). В русских документах XIX века фиксация фамилии могла колебаться: встречается написание «Аймакеев» или «Аймакаев» через «е», что связано с особенностями произношения в диалектах.

Стоит отметить, что имя Аймак не было личным в строгом христианском смысле: его давали либо как прозвище, либо как второе, «мирское» имя. После крещения часть носителей перешла в православие, но фамилия осталась тюркской по корню. В ономастических справочниках (например, в работах Гариповой или Кусимовой) фамилия Аймакаев упоминается как пример перехода родового термина в личное имя, а затем в фамилию — довольно редкий случай, когда социальная единица становится антропонимом.