Фамилия Аймаков ставит перед исследователем загадку уже на уровне корня. В ней нет очевидного тюркского или славянского суффикса, который сразу выдал бы географию. Суффикс -ов указывает на русскую модель образования: притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?». Но основа «Аймак» явно не славянская. Чаще всего такие фамилии возникали, когда русские писцы или священники адаптировали нерусское прозвище под привычную форму.

Самое вероятное объяснение — связь с тюркским или монгольским словом «аймак». В языках народов Центральной Азии и Сибири (у алтайцев, тувинцев, хакасов, монголов) аймак — это крупное родовое подразделение, племя или административная единица. Прозвище Аймак могли дать человеку, который принадлежал к известному роду, был его старейшиной или просто выходцем из большого племени. В русских документах XVII–XVIII веков, особенно в Сибири и на Урале, встречаются записи вроде «новокрещен татарин Аймачко» или «ясачный человек Аймак» — именно от таких имен-прозвищ и пошла фамилия.

Менее распространенная версия — от тюркского имени Аймак, которое могло быть образовано от слов «ай» (луна) и «мак» (печать, знак) или от глагола со значением «намереваться, стремиться». В любом случае, основа указывает на тюркоязычную среду, а суффикс -ов — на то, что носители фамилии давно живут в русскоязычной среде, возможно, со времен освоения Поволжья или Сибири.

Фамилия Аймаков встречается не только у татар и башкир, но и у русских, особенно в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Это говорит о том, что предки могли быть крещеными инородцами — например, тептярями или ясачными крестьянами, — которые со временем полностью обрусели, но сохранили родовое прозвище в качестве фамилии. По сословной принадлежности предки Аймаковых, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано. Таким образом, Аймаков — фамилия с четкой географической и этнической привязкой к Урало-Поволжскому региону и Сибири, которая рассказывает о родовом устройстве тюркских народов.