Фамилия Аймакенов — редкий случай, когда почти вся её форма прозрачна, но корень уводит вглубь тюркской географии и социальной структуры. Если отбросить русский патронимический суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Аймакена), остаётся личное мужское имя Аймакен. Именно оно и стало основой фамилии.

Разберём имя. Первая часть «ай» по-тюркски — «луна», но в именах часто выступает как компонент со значением «красивый, светлый, чистый», иногда — «святой». Вторая часть «макен» — более сложная. Скорее всего, это диалектный или исторический вариант слова «макан» (в казахском, киргизском, каракалпакском языках — «кочевье, стоянка, место жительства, становище»). Таким образом, Аймакен может означать «светлое кочевье», «красивая стоянка» или «чистое место». Менее вероятно, но возможно, что «макен» — это искажённое арабское «макин» (прочный, крепкий, влиятельный), но для кочевой среды семантика «места» ближе и органичнее.

По модели образования фамилия относится к типичным для тюркских народов России и Казахстана: к основе-имени добавили русский суффикс -ов, который в XIX–XX веках стал стандартным способом русификации фамилий при записи в метрики и паспорта. Носитель фамилии Аймакенов — потомок человека по имени Аймакен. Сам же Аймакен мог быть человеком, получившим имя по месту рождения или стоянки рода, либо прозвище, закрепившееся за основателем семьи.

Фамилия редкая, её география, скорее всего, привязана к Казахстану (особенно южные и западные области) и прилегающим регионам России, где живут казахи. Встречаемость её крайне мала, что говорит о локальном происхождении — возможно, от конкретного рода или аула. Сословная принадлежность предков не определяется: фамилию на -ов могли получить и рядовые скотоводы, и представители знати при переходе на оседлость и получении документов.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ев (от основ на мягкий согласный), суффикс -ов здесь стоит после твёрдого «н», что типично для имён, оканчивающихся на согласный. Если бы имя звучало как Аймакене, фамилия была бы Аймакенев. Это лишний раз подтверждает, что исходное имя — именно Аймакен, а не заимствованная форма с мягким окончанием.