Фамилия Аймухаметов — одна из тех, что сразу выдают тюрко-мусульманское происхождение, а точнее — башкирские или татарские корни. В её основе лежит сложное арабское имя Аймухамет, которое в свою очередь состоит из двух частей: «ай» (луна) и «Мухамет» (арабская форма имени пророка Мухаммеда, означающая «восхваляемый»). Получается «луна Мухаммеда» или «луноподобный Мухаммед» — поэтичное составное имя, типичное для тюркской ономастики, где к имени пророка добавляли светлые, возвышенные эпитеты.

Словообразовательная модель здесь классическая для русской фиксации тюркских фамилий: к основе Аймухамет прибавили русский патронимический суффикс -ов. Это указывает на то, что фамилию дали по отцу — Аймухамету, то есть Аймухаметов буквально означает «сын Аймухамета». В башкирской и татарской среде такие фамилии массово закрепились в XIX — начале XX века, когда после реформ по учёту населения русские чиновники записывали имена по отчеству с русскими окончаниями.

Географически фамилия Аймухаметов наиболее распространена в Башкортостане, а также в соседних регионах с компактным проживанием башкир и татар — в Челябинской и Оренбургской областях. Встречается она и в Татарстане, но реже. Интересно, что в самой Башкирии нередко бытует вариант без суффикса — просто Аймухамет, что ближе к исконной тюркской форме.

Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или скотоводами, но не стоит исключать и служилых людей. В башкирском обществе существовала прослойка «аймачных» старшин и вотчинников, которые могли носить подобные составные имена. Однако прямых указаний на дворянское происхождение Аймухаметовых нет — фамилия почти наверняка относится к разряду крестьянских или мещанских, как и большинство тюркских фамилий на -ов.

Спорных версий у этой фамилии практически нет: корень прозрачен, а альтернативная этимология (например, от тюркского «ай» — месяц, и «мухамет» — отдельно) несостоятельна, поскольку имя Аймухамет — цельная, зафиксированная в мусульманских именниках конструкция. Единственное, что может сбить с толку — случайное созвучие с казахскими фамилиями вроде Аймухамбетов, но это уже другой регион и другая фонетика.