Фамилия Аймухан — редкая, и её происхождение напрямую связано с тюркским миром, скорее всего, с казахской или башкирской средой. Это не типичная русская фамилия с суффиксом -ов или -ин, а полная форма личного имени, которая перешла в наследственное прозвище без изменений. Такая модель характерна для фамилий народов, где отчества или родовые имена долго не оформлялись привычными для славян суффиксами.

Основа фамилии — составное тюркское имя Аймухан. Первая часть «Ай» в тюркских языках означает «луна» и часто использовалась в именах как символ красоты, света, удачи или божественного покровителя (например, Айгуль, Айдар). Вторая часть «мухан» — это искажённое или диалектное произношение арабского имени «Мухаммед» (прославленный, хвалимый). Таким образом, имя Аймухан можно перевести как «лунный Мухаммед» или «сияющий, как луна, Мухаммед». Встречаются и другие варианты толкования: «хан луны» (если «хан» — титул), но в связке с «Ай» чаще видят именно религиозный подтекст — желание подчеркнуть святость имени через светило.

Фамилия Аймухан распространена в основном у казахов и башкир, а в России может встречаться у татар, особенно в Оренбургской и Челябинской областях, а также в Башкортостане. Сословно предки носителя фамилии могли быть как кочевниками-скотоводами, так и представителями духовенства или уважаемыми старейшинами рода. Сложность в том, что фамилия не прошла через русскую канцелярию с её типичными окончаниями, поэтому её написание в документах могло колебаться: встречаются варианты Аймуханов, Аймухаметов, но исходная форма Аймухан — самая прямая.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что сохранила архаичную тюркскую конструкцию «имя + титул/религиозный эпитет». Если бы носители фамилии жили в среде, где фамилии образовывались по русскому образцу, она звучала бы как Аймуханов или Аймуханский, но этого не произошло. Поэтому Аймухан — прямое свидетельство того, что фамилия закрепилась до активной русификации тюркских имён.