Фамилия Аймуханов — типичный пример того, как русская бюрократическая машина XIX века записывала тюркские имена по своему шаблону. В основе лежит мужское имя Аймухан, которое сложили из двух корней: «ай» (луна, месяц) и «мухан» — фонетический вариант имени Мухаммад (прославленный, достохвальный). В буквальном переводе имя означает «лунный Мухаммад» или «сияющий, как луна». Такие двусоставные имена с компонентом «ай» — луна в тюркской традиции символизировала красоту, чистоту и удачу — были широко распространены у казахов, киргизов, башкир и татар.

Фамилию образовали по русской модели: к имени отца Аймухан пришили суффикс -ов. При переписях населения в XIX — начале XX века тюркские народы Российской империи получали фамилии именно так. Соответственно, Аймуханов означает «сын (или потомок) Аймухана». Интересно, что у самих казахов или киргизов, где русская модель не прижилась, вариант без суффикса — просто Аймухан — мог остаться как фамилия.

Географически фамилия встречается преимущественно в Казахстане, особенно в западных и южных областях, а также среди казахской диаспоры в России — в Оренбургской и Астраханской областях. У башкир она попадается реже. В русской среде фамилия практически не фиксируется: это чёткий маркер тюркского, обычно казахского происхождения.

Сословно носители фамилии в дореволюционный период относились к «инородцам» — кочевому или полукочевому населению, которое не входило в крестьянское сословие. Среди них могли быть как рядовые скотоводы, так и представители родовой знати — баи или аксакалы, поскольку имя Аймухан несло религиозный оттенок и не было простонародным. Точных данных о массовом дворянстве или купечестве по этой фамилии нет — она оставалась в среде степных родов.

Стоит обратить внимание на чередование звуков: в некоторых тюркских говорах имя Аймухан могло звучать как Аймукан из-за перехода «х» в «к». Поэтому фамилия Аймуканов — её однокоренной вариант, который встречается в тех же регионах. Разница в написании связана с особенностями местного произношения или записи в документах, но оба варианта восходят к одному корню.