Фамилия Аймушев — редкая и неочевидная с первого взгляда. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить привычную модель «от имени или прозвища на -ов/-ев». Здесь работает другой, более старый механизм: фамилия образована от тюркского имени Аймыш или Аймуш с помощью русского патронимического суффикса -ев.

Основа имени — тюркское «ай» (луна). В ономастике тюркских народов луна — частый компонент имён, символизирующий красоту, свет, удачу или связь с небесным светилом. Вторая часть имени (-мыш/-муш) — типичный для тюркских языков суффикс причастия прошедшего времени. Примерное значение цельного имени — «рождённый в лунную ночь», «луноликий» или «светлый, как луна». Встречаются параллели: татарское имя Аймуш, башкирское Аймырза, казахское Аймырза (лунный мирза).

По суффиксу -ев фамилия Аймушев — типично русская по оформлению, но тюркская по корню. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил в зоне русско-тюркского культурного пограничья: в Поволжье, на Урале или в Сибири. Там крещёные татары, башкиры, чуваши или казахи получали фамилии по отцу, присоединяя к его имени русский суффикс. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая; она распространена в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане, что подтверждает её региональное происхождение.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Аймушев не имеет церковной истории. Она не встречается в боярских списках и дворянских родословных. Скорее всего, её носители — потомки служилых татар, ясачных крестьян или казаков, принявших православие, но сохранивших память о родовом имени. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители — это, как правило, потомки одного или нескольких родственных родов.