Фамилия Айнабаева — восточная по происхождению, и её разбор стоит начать с имени, от которого она образована. В основе лежит составное имя Айнабай. Первая часть, «айна», заимствована из персидского языка, где означает «зеркало». В переносном смысле это слово приобретает значение «светлый, чистый, непорочный» — так родители, давая имя, желали ребёнку безоблачной судьбы и защиты от бед. Вторая часть, «бай», — тюркская: «хозяин, господин». Соединившись, части дают имя, которое можно перевести как «светлый, непорочный человек» или «господин чистоты».

Фамилия образована по типичной для казахской и других тюркских ономастик модели: к имени Айнабай добавили русский суффикс -ев, который оформляет фамилию как принадлежащую роду. Айнабаева — женская форма, у мужчин — Айнабаев. Суффикс -ев указывает, что фамилия закрепилась в документах в период, когда русская администрация адаптировала местные имена под привычные патронимические формы.

Сведения о носителях фамилии сохранились в архивных документах Казахстана. Например, в данных Департамента КНБ РК по Восточно-Казахстанской области значится Айнабаев Бекбау, 1897 года рождения, из Сарыозекского аула Уланского района. Другой источник, по городу Алматы, упоминает Айнабаева Куспека, родившегося в 1892 году в 16-м ауле Чингиставского района Семипалатинского округа. Эти записи подтверждают, что фамилия бытовала в восточных и южных регионах Казахстана, в районах с сильным влиянием как тюркской, так и персидской культур.

Интересная деталь: слово «айна» в разных тюркских языках может звучать как «айне» или «айна», но его персидский корень (āyina) остаётся узнаваемым. Сама фамилия Айнабаева — редкий пример, где в основе лежит не просто тюркское прозвище, а заимствованное персидское понятие, что делает её памятником культурного обмена на Великом шёлковом пути.