Фамилия Айнаджиев — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками. Основа фамилии — слово «айнаджи» (или «айначы»), которое в переводе с турецкого, азербайджанского и ряда других тюркских наречий означает «зеркальщик» или «мастер по изготовлению зеркал». Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных основ, характерную для регионов, где русские пересекались с тюркским населением — на Кавказе, в Закавказье или в южных губерниях России.

Слово «айна» (зеркало) восходит к арабскому «айн» (глаз, источник), но в тюркских языках закрепилось именно в значении «зеркало». Соответственно, прозвище Айнаджи давали ремесленнику, который шлифовал стекло, наносил амальгаму или торговал зеркалами. В османской и азербайджанской среде такие мастера составляли отдельный цех, и фамилия могла закрепиться за целым родом потомственных зеркальщиков.

В русском контексте фамилия Айнаджиев почти наверняка имеет кавказские или закавказские корни. В XIX — начале XX века многие армяне, азербайджанцы и греки, переселяясь в Российскую империю, русифицировали свои фамилии, добавляя окончания -ов/-ев. При этом основа оставалась тюркской, что нередко встречается у народов, говоривших на тюркских диалектах, но живших в полиэтничной среде.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Айназаров, Айнатулов — показывает, что корень «айна» в фамилиях часто связан либо с зеркалом, либо с личным именем Айна (встречается у тюркских народов как женское имя, означающее «лунная»). Однако суффикс -джи (профессиональный суффикс в тюркских языках, аналогичный русскому -щик) не оставляет сомнений: Айнаджиев — это именно «сын зеркальщика», а не «сын Айны».

География фамилии сегодня размыта. Носители встречаются в России (особенно в Краснодарском крае, Ростовской области), в Азербайджане и в среде греков-понтийцев, у которых тоже бытуют тюркские по основе фамилии. Точных статистических данных по распространённости нет, но фамилия остаётся малочисленной, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска — почти каждый Айнаджиев может проследить родство до конкретного мастера-зеркальщика, переселившегося в Российскую империю в конце XIX века.