Фамилия Айна — редкая и многослойная, её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, нужно рассмотреть сразу несколько версий, и каждая из них ведёт в свою языковую и культурную среду.

Самая прямая и бытовая версия выводит фамилию из эстонского наречия aina — «непрерывно». В таком случае прозвище Айна могли дать человеку с заметной чертой характера: трудолюбивому, неутомимому, тому, кто работает без передышки. Это объяснение простое и логичное, если предки носителя фамилии жили в Прибалтике или в регионах, граничащих с эстонскими землями.

Вторая версия уводит нас в тюркские языки, где слово «айна» означает «зеркало» или, в переносном смысле, «красивый, блестящий». Отсюда могли возникнуть два варианта прозвища. Первый — по внешности: человека с большими, выразительными, «зеркальными» глазами могли прозвать Айна. Второй — по поведению: так могли назвать любопытного человека, который, как в зеркало, всматривается во всё вокруг. Эта версия особенно весома для регионов Поволжья, Урала и Кавказа, где тюркские языки были распространены веками.

Третья, менее вероятная, но исторически интересная гипотеза связывает фамилию с народом айну. Айны — коренное население острова Хоккайдо (Япония) и южной части Сахалина. Самоназвание «айну» переводится как «человек» или «мужчина». По переписи населения Российской империи 1897 года 1446 человек указали айнский язык как родной, и почти все они жили на Сахалине. В тот период весь Сахалин принадлежал России, а Курильские острова — Японии; южный Сахалин отошёл к Японии после войны 1904–1905 годов. Тогда прозвище Айна могло указывать на национальность его обладателя или на место его жительства в этих краях.

С точки зрения словообразования фамилия Айна стоит особняком. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин, которые обычно «русифицируют» иноязычные основы. Это говорит о том, что фамилия могла быть зафиксирована в документах в своей исходной, неизменённой форме — либо как прозвище, либо как этноним. Такое нередко случалось с фамилиями нерусского населения окраин империи.

Какую из версий считать основной, зависит от географии. Если корни семьи уходят в Эстонию или соседние губернии — первая версия самая естественная. Если в татарские, башкирские или кавказские села — вторая. Если в дальневосточные регионы, вплоть до Сахалина, — третья приобретает исторический вес. В любом случае, фамилия Айна — это не случайный набор звуков, а метка, за которой стоит либо характер человека, либо его внешность, либо целая культура древнего народа.