Фамилия Айнатуллина — женская форма от Айнатуллин, и чтобы понять её корни, нужно разобрать мужскую основу. Она восходит к арабскому имени Айнатулла, где соединились два слова: «айн» (глаз, зрение, источник) и «Аллах» (Бог). Буквально имя переводится как «око Аллаха», «Божий глаз» или «источник Всевышнего». В исламской традиции такие имена подчеркивают божественное всеведение и защиту: считалось, что человек, названный Айнатуллой, находится под особым присмотром.

С точки зрения словообразования, фамилия Айнатуллин стоит в одном ряду с такими однокоренными, как Айнуллин, Айнатулов, Гайнатуллин (где «Гайн» — вариант того же корня). Обратите внимание на двойную «л» в суффиксе — это не ошибка, а закономерный результат стяжения. Когда к имени, оканчивающемуся на -улла (Айнатулл-а), добавляли фамильное окончание -ин, происходило удвоение согласной. Это отличает её от более редкого варианта Айнатулин, который мог возникнуть из-за упрощения в бытовой речи. Сам суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Айнатуллин — буквально «сын Айнатуллы» или «из рода Айнатуллы». Встречается также вариант Айнатуллов, но форма на -ин характерна именно для тюркских народов Поволжья и Приуралья.

Фамилия типична для татарской и башкирской ономастики, где широко распространены фамилии, образованные от арабских и персидских имен. Географически она сосредоточена в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах исторического проживания татар и башкир. В дореволюционной России носители такой фамилии могли быть как крестьянами, так и муллами или торговцами, поскольку имя Айнатулла нередко давали в религиозных семьях.