Фамилия Айнаков — относительно редкая, и её происхождение связано с тюркскими языками, что сразу выдаёт географию её корней. Основой послужило мужское имя Айнак, которое в переводе с тюркского означает «зеркало» или «отражение». В переносном смысле так могли назвать ребёнка с красивым, «чистым» лицом, либо же это имя давали с пожеланием, чтобы жизнь человека была ясной и без изъяна, как зеркальная гладь. В некоторых тюркских диалектах слово «айнак» также имело значение «лунный свет», что добавляет имени поэтичный оттенок.

Суффикс -ов в фамилии указывает на русскую модель образования: Айнаков — это буквально «сын Айнака» или «принадлежащий Айнаку». Такая форма закрепилась в XIX веке, когда представители тюркских народов, входивших в состав Российской империи, получали фамилии по отцу с помощью русских патронимических суффиксов. Фамилия могла возникнуть у татар, башкир, казахов или представителей народов Северного Кавказа, где имя Айнак встречается до сих пор, пусть и не повсеместно.

В отличие от более распространённых фамилий на -ин, форма Айнаков подчёркивает, что основа оканчивается на твёрдый согласный, что типично для заимствованных имён. Интересно, что в некоторых тюркских языках существует и женское имя Айна (например, у киргизов), но фамилия Айнаков образована именно от мужского варианта. Если искать аналоги, то однокоренными можно считать фамилии Айнагулов (с компонентом «гул» — цветок) или Айназаров (с «зар» — золото), но Айнаков стоит особняком как более лаконичная и древняя по звучанию форма.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или духовенству — скорее всего, её носили крестьяне или ремесленники из тюркоязычной среды, которые после отмены крепостного права или в ходе административного учёта получили фамилию по отцу. В современной России Айнаковы встречаются в Татарстане, Башкортостане и в Оренбургской области, что подтверждает её приуральско-поволжские корни. Фамилия не имеет отношения к арабским или персидским корням напрямую, хотя тюркское слово «айна» само по себе заимствовано из персидского (āyina — зеркало), что делает её частью более широкого культурного обмена.