Фамилия Айнаков — редкая, и её происхождение ведёт к тюркским языкам, что сразу определяет географию корней. В основе лежит мужское имя Айнак. С тюркского оно переводится как «зеркало» или «отражение». В переносном смысле так могли назвать ребёнка с чистым, красивым лицом либо дать имя с пожеланием ясной, без изъяна жизни. В некоторых тюркских диалектах «айнак» означало ещё и «лунный свет», что добавляет имени поэтичный оттенок.

Суффикс -ов — типичная русская патронимическая модель: Айнаков буквально значит «сын Айнака» или «принадлежащий Айнаку». Такая форма закрепилась в XIX веке, когда тюркские народы в составе Российской империи получали фамилии по отцу с русскими суффиксами. Фамилия могла возникнуть у татар, башкир, казахов или народов Северного Кавказа, где имя Айнак встречается до сих пор, хотя и не повсеместно.

В отличие от фамилий на -ин, форма Айнаков подчёркивает, что основа заканчивается на твёрдый согласный — это характерно для заимствованных имён. Интересно, что в некоторых тюркских языках есть женское имя Айна (например, у киргизов), но фамилия образована именно от мужского варианта. Однокоренные фамилии — Айнагулов (с компонентом «гул» — цветок) или Айназаров (с «зар» — золото), но Айнаков стоит особняком как более лаконичная и древняя по звучанию форма.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или духовенству. Скорее всего, её носили крестьяне или ремесленники из тюркоязычной среды, получившие фамилию по отцу после отмены крепостного права или в ходе административного учёта. В современной России Айнаковы встречаются в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области — это подтверждает приуральско-поволжские корни. Прямого отношения к арабским или персидским корням фамилия не имеет, хотя само тюркское слово «айна» заимствовано из персидского (āyina — зеркало), что вписывает её в более широкий культурный обмен.