Фамилия Айнакулова — редкий пример, где тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом. В центре фамилии лежит мужское личное имя Айнакул, которое состоит из двух частей: «айна» (зеркало) и «кул» (раб Божий, слуга). Вместе имя означало «чистый, как зеркало слуга Всевышнего» или «отражающий свет веры». Такие составные имена с компонентом «кул» были распространены у многих тюркских народов, особенно у казахов, узбеков, киргизов и каракалпаков. Суффикс -ова указывает на принадлежность: Айнакулова — дочь или жена Айнакула.

Разберём словообразовательную модель детальнее. Фамилия образована по стандартной для Российской империи схеме: к основе личного имени прибавили русский суффикс -ов (в женском роде -ова), обозначающий родство. В самой тюркской среде фамилия могла бы звучать как Айнакулы — с притяжательным аффиксом -ы, который указывает на происхождение от отца. Но через русскую канцелярию, где массово фиксировали фамилии у кочевых народов в XIX–XX веках, закрепилась именно форма на -ов. Так тюркское имя обрело славянское окончание, и фамилия стала маркером культурного пограничья.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на третий слог: Айнаку́лова. Встречается она преимущественно в Казахстане и прилегающих регионах России (Оренбургская, Астраханская области), реже — в Узбекистане. География подсказывает, что предки носителей фамилии происходили из среды казахских или каракалпакских родов, где составные имена с «кул» были особенно популярны.

Сама основа имени указывает на род занятий предка: он мог быть либо человеком духовного звания (муллой, ишаном), либо просто верующим, получившим имя при рождении в честь религиозной чистоты. В отличие от многих тюркских фамилий, образованных от прозвищ (по профессии, внешности), Айнакулова напрямую восходит к личному имени, что говорит о традиции называть детей «красивыми» именами с сакральным смыслом. Мужской вариант — Айнакулов — встречается чаще женского, но это естественно для фамилий, образованных от отчества.