Фамилия Айнакулова — редкий пример, где тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом. В центре фамилии лежит мужское личное имя Айнакул, которое состоит из двух частей: «айна» (зеркало) и «кул» (раб Божий, слуга). Вместе имя означало «чистый, как зеркало слуга Всевышнего» или «отражающий свет веры». Такие составные имена с компонентом «кул» были распространены у многих тюркских народов, особенно у казахов, узбеков, киргизов и каракалпаков. Суффикс -ова указывает на принадлежность: Айнакулова — дочь или жена Айнакула.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на третий слог: Айнаку́лова. Встречается она преимущественно в Казахстане и прилегающих регионах России (Оренбургская, Астраханская области), реже — в Узбекистане. В русских документах фамилия закрепилась относительно поздно, в XIX–XX веках, когда у кочевых народов начали массово фиксировать фамилии по отцовскому имени.

Мужской вариант — Айнакулов — встречается чаще женского, но сама основа имени указывает на род занятий предка: он мог быть либо человеком духовного звания (муллой, ишаном), либо просто верующим, получившим имя при рождении в честь религиозной чистоты. В отличие от многих тюркских фамилий, образованных от прозвищ (по профессии, внешности), Айнакулова напрямую восходит к личному имени, что говорит о традиции называть детей «красивыми» именами с сакральным смыслом.

По словообразовательной модели фамилия типична для тюркоязычных народов, принявших русскую паспортную систему: к основе имени прибавляется русский суффикс -ов/-ев, указывающий на родство. Интересно, что в самой тюркской среде фамилия могла бы звучать как Айнакулы (с притяжательным аффиксом -ы), но через русскую канцелярию закрепилась форма на -ов. Таким образом, Айнакулова — не просто фамилия, а маркер культурного пограничья, где тюркское имя обрело славянское окончание.