Фамилия Айнова — женская форма, а её мужской вариант — Айнов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу. В русских фамилиях суффикс -ов/-ев обычно указывает на принадлежность («чей?» — сын Айна), а корень «Айн-» здесь ключевой.

Самая вероятная версия: фамилия образована от нецерковного имени или прозвища Айн. В русских говорах слово «айна» могло означать «глаз» (из тюркских языков, где «айна» — зеркало, глаз). Прозвище Айн могли дать человеку с выразительными, «зеркальными» глазами или, наоборот, с каким-то дефектом зрения — по характерной внешней примете. Такие прозвища были распространены в среде крестьян и посадских людей, где фамилии часто закреплялись по уличному имени предка.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с гидронимом или топонимом. На Северо-Западе России есть река Айна (приток Свири), и жителей окрестных деревень могли прозывать «айновскими», а затем фамилия сократилась до Айнов. В этом случае фамилия — географическая, указывающая на выходцев с берегов этой реки.

Встречается также гипотеза о финно-угорском следе: в коми-пермяцком языке «ай» — отец, «айна» — отцовский. Но для русской фамильной модели с суффиксом -ов это скорее исключение: прямое заимствование из коми дало бы форму Айнов, но с другим ударением и значением (как «отцов сын»), что менее органично для русского ономастикона.

Социально Айновы — скорее всего, потомки крестьян или однодворцев. Фамилия редкая, её очаги — Вологодская область и Карелия (близость к реке Айна), а также отдельные записи в Поволжье, куда могли переселиться носители в ходе аграрных миграций XIX века. Известных исторических фигур с этой фамилией нет, что типично для «прозвищных» фамилий, не попавших в дворянские родословные.