Фамилия Айнйков — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует внимания к написанию. Первое, что бросается в глаза: буква «й» в середине фамилии. В русских фамилиях она встречается нечасто, обычно в основах, заимствованных из тюркских или финно-угорских языков. Скорее всего, перед нами вариант фамилии, образованной от прозвища или имени Айнык или Айныка. Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Айнйков, то есть потомок Айныка.

Что могло лежать в основе? Самая вероятная версия — тюркское происхождение. Корень «ай» в тюркских языках означает «луна» (ср. Айгуль, Айрат). Уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -нык или -ык могла дать имя Айнык — «лунненький», «светлый», «красивый, как луна». В татарской, башкирской или казахской среде такие имена были распространены. Фамилия Айнйков могла возникнуть, когда носитель тюркского имени перешёл в русскую среду, и его отчество русифицировали по модели «Айныков». Двойное «й» (Айн-й-ков) — результат стечения: основа заканчивается на «й», а суффикс -ов добавляется без изменений, хотя в бытовом произношении часто выпадает или упрощается.

Вторая, менее правдоподобная версия — связь с диалектным русским словом «айн» или «айна» (зеркало, от арабского через тюркское посредничество). В некоторых говорах так называли человека с чистой, «зеркальной» душой или, наоборот, насмешливо — того, кто любит смотреться в зеркало. Но эта версия слабее: суффикс -ык в русских прозвищах редок, а форма Айнйков без промежуточного -ин- выглядит искусственной.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где веками шло смешение русского и тюркского населения: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье. В дореволюционных метриках Айнйковы могли записываться и как Айныковы, и как Айниковы — путаница с «й» и «и» типична для канцелярий XIX века. Сословно предки, скорее всего, были государственными крестьянами или мещанами, реже — служилыми людьми из «инородцев», принявшими православие и получившими фамилию по отцу.

Таким образом, Айнйков — фамилия с прозрачной тюркской основой, указывающая на предка по имени Айнык («лунный»). Это не случайное искажение, а след межэтнического контакта, застывший в письменной форме с редкой орфографией.