Фамилия Айнеков — одна из тех, где догадаться о происхождении по звучанию почти невозможно. С первого взгляда кажется, что корень «айнек» — что-то тюркское или кавказское, но на деле это редкий случай, когда фамилия образована от личного имени с помощью простого русского патронимического суффикса -ов.

Основа — мужское имя Айнек. В русской ономастике оно не встречается, зато хорошо известно в тюркских языках. Айнек — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Айнур, Айдар или просто Ай («луна»). В башкирском, татарском, казахском и других языках суффикс -ек/-ек придаёт имени значение «маленький», «любимый»: Айнек — «мой лунный», «лунненький». Такие имена давали детям, чтобы подчеркнуть нежность или красоту, реже — как охранительное имя от злых духов.

Фамилия Айнеков, скорее всего, сформировалась в среде крещёных татар или башкир, когда в XIX веке массово фиксировали фамилии по отцу. Сын человека по имени Айнек получал фамилию Айнеков — буквально «потомок Айнека». Реже возможна версия от прозвища Айнек, данного человеку с луноподобным лицом (круглым, светлым), но это менее вероятно: прозвища с таким корнем почти не фиксируются в исторических документах.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону: Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье. Встречается она нечасто, что объясняется редкостью исходного имени. Важно не путать с фамилией Айнаков, которая может иметь иное происхождение — от тюркского «айна» (зеркало) с другим суффиксом.

Таким образом, Айнеков — это типичная патронимическая фамилия, образованная от тюркского ласкательного имени. Её носители, вероятно, потомки крещёных татар или башкир, живших в смешанных с русским населением районах.