Фамилия Айнеков — редкий случай, когда тюркская основа и русский патронимический суффикс слились воедино. На слух корень «айнек» кажется чем-то восточным, но механизм образования простейший: к личному имени Айнек добавили -ов, и получилось «сын Айнека».

Само имя Айнек — уменьшительно-ласкательная форма, распространённая в башкирском, татарском и казахском языках. Оно образовано от основы «ай» (луна) с помощью суффикса -ек/-ек, который придаёт значение «маленький», «любимый». Айнек — это «мой лунный», «лунненький». Такие имена давали детям, чтобы подчеркнуть нежность или красоту, реже — как охранительное имя от злых духов. Полные имена, от которых пошла ласкательная форма, — Айнур, Айдар или просто Ай.

Фамилия, скорее всего, сформировалась в среде крещёных татар или башкир в XIX веке, когда массово фиксировали фамилии по отцу. Сын человека по имени Айнек получал фамилию Айнеков — буквально «потомок Айнека». Реже возможна версия от прозвища Айнек, данного человеку с луноподобным лицом (круглым, светлым), но это менее вероятно: прозвища с таким корнем почти не фиксируются в исторических документах.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону: Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье. Встречается она нечасто, что объясняется редкостью исходного имени. Важно не путать с фамилией Айнаков, которая может иметь иное происхождение — от тюркского «айна» (зеркало) с другим суффиксом.

Таким образом, Айнеков — типичная патронимическая фамилия, образованная от тюркского ласкательного имени. Её носители, вероятно, потомки крещёных татар или башкир, живших в смешанных с русским населением районах.