Фамилия Айнетов — редкая и с первого взгляда неочевидная по происхождению. Чтобы понять её корни, нужно разобрать словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую фамилию, то есть образованную от имени или прозвища отца. Однако основа «Айнет» не имеет славянских корней и явно заимствована.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском и казахском, слово «ай» означает «луна» или «месяц», а «нет» — это суффикс или часть имени, часто связанная с понятием «светлый», «сияющий» (сравните с именем Айнур — «лунный свет»). Таким образом, Айнет могло быть личным именем или прозвищем со значением «луноликий», «светлый как луна» или «рождённый в новолуние». Встречается и более прозаичная версия: в некоторых тюркских диалектах «айнет» — это название растения или узора, но она менее распространена.

Менее правдоподобна, но возможна связь с арабским именем Айнат или Айнет, которое восходит к слову «айн» (глаз, источник). Однако в русской среде такая фамилия почти не фиксируется, а вот тюркские антропонимы с основой «Ай-» (Айтуганов, Айметов, Айдаров) хорошо известны в Поволжье и на Урале. Поэтому Айнетов — это, скорее всего, русифицированная форма тюркской фамилии, которую дали при переписи или крещении: отца звали Айнет, а его детей записали как Айнетовых.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в Татарстане, Башкортостане и среди татарских диаспор в Оренбургской и Челябинской областях. В центральной России она почти не бытует. Сословно предки Айнетовых, вероятно, были крестьянами или мещанами, хотя не исключено, что основатель рода носил прозвище, данное за внешность или время рождения. Точных исторических документов о фамилии нет, поэтому основная гипотеза строится на лингвистическом анализе: тюркское имя + русский суффикс принадлежности.