Фамилия Айнетдинов — типичный пример фамилии, образованной по русской модели от тюркского (татарского или башкирского) имени. Её основа — мужское имя Айнетдин, которое представляет собой фонетический вариант более распространённого имени Гайнутдин (или Гайнетдин). Звук «г» в начале слова в разговорной речи часто выпадал или переходил в «а», что и дало форму Айнетдин.

Имя это составное, арабского происхождения. Первая часть, Гайн (или Айн), многозначна: это и «глаз», и «родник, источник», и «точный, истинный», а также «самый лучший, избранный, дорогой». Вторая часть, Дин, означает «вера, религия». Таким образом, имя Айнетдин (Гайнутдин) можно перевести как «источник религии», «истинная вера» или «наблюдатель веры». Имя это несло пожелание, чтобы его носитель был опорой веры или обладал глубокими религиозными знаниями.

Фамилия строится по стандартной для русского языка модели: к основе имени добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Айнетдина»). Со временем этот суффикс закрепился как фамильный. Такая модель массово распространилась среди татар и башкир в XIX — начале XX века, когда у них начали фиксировать фамилии по русскому образцу.

Документальные свидетельства подтверждают бытование фамилии в Поволжье. В Книге памяти Нижегородской области упоминаются Азиз Айнетдинов, родившийся в 1874 году в деревне Петряксы (Кзыл-Октябрьский район Горьковской области), и Али Айнетдинов, 1873 года рождения из села Уразовка того же района. В документах Ульяновской области встречается Асфандиар Айниевич Айнетдинов, родившийся в 1869 году в Кармалее (Кулаткинский район). Эти записи показывают, что фамилия была распространена в татарских и мишарских селениях на территории современных Нижегородской и Ульяновской областей.

Среди известных носителей — российский иконописец Александр (Али Хайдарович) Айнетдинов. Его пример интересен тем, что он наглядно показывает сохранение имени-основы в отчестве (Али Хайдарович — от имени Али и Хайдар), что характерно для мусульманских традиций именования в России.

С точки зрения словообразования фамилия Айнетдинов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Айнетдинов, Гайнутдинов, Гайнетдинов, Айнутдинов. Все они восходят к одному корню, различаясь лишь степенью редукции начального звука. Вариант Айнетдинов — один из самых распространённых, особенно в среде волго-уральских татар.