Фамилия Айнетдинова образована от мужского имени Айнетдин — одного из вариантов более известного имени Гайнутдин. В переводе с арабского оно означает «источник религии» или «богатство веры». Имя Гайнутдин (Гайн ад-Дин) состоит из двух корней: «гайн» (сокровище, источник) и «дин» (вера, религия). Форма Айнетдин возникла в результате фонетических изменений, характерных для татарского и башкирского языков, где начальный «г» часто переходит в «ай» или «әй» — это особенность произношения, а не ошибка записи.

Фамилия Айнетдинова — женская форма от Айнетдинов, а сам родовой именник строится по стандартной русской модели: к основе Айнетдин добавляется суффикс -ов, который в тюркских фамилиях Поволжья и Приуралья закрепился через русское делопроизводство. Носители фамилии — потомки человека по имени Айнетдин, и, скорее всего, их предки жили в среде, где исламские имена были основными: среди татар, башкир или других тюркоязычных народов, исповедующих ислам. В отличие от русских фамилий, которые часто возникали от прозвищ или профессий, здесь основа — чистое личное имя, что указывает на относительно позднее оформление фамилии (XVIII–XIX века), когда крестьянам и городским сословиям начали массово присваивать фамилии по отцу.

Процесс становления фамилий был долгим, поэтому точно определить место и время возникновения рода Айнетдиновых можно только через генеалогические разыскания — например, по ревизским сказкам или метрическим книгам мечетей. Однако уже сейчас понятно: фамилия редкая и географически привязана к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Сравнение с однокоренными фамилиями (Айнетдинов, Гайнетдинов, Гайнутдинов) показывает, что вариант с начальным «Ай» встречается реже, что делает его маркером определённой диалектной или семейной традиции произношения.