Фамилия Айнетдиновы образована от мужского имени Айнетдин, которое восходит к арабскому Гайнутдин. Если разобрать это имя по составу, то первая часть — «гайн» — имеет несколько значений: «глаз», «родник», «источник», а также «истинный» и «самый лучший, избранный». Вторая часть — «дин» — означает «вера» или «религия». Таким образом, полный смысл имени Айнетдин — «источник веры» или «истинная, самая лучшая вера». Фонетическое изменение «г» на «а» в начале слова (Гайнутдин → Айнетдин) — характерная черта для ряда тюркских языков, где начальный звонкий согласный мог редуцироваться или заменяться на гласный.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Айнетдин добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к роду: «чей?» — Айнетдинов, то есть сын или потомок Айнетдина. Такая модель широко распространилась среди крещёных и не только татар, башкир и других тюркских народов, входивших в состав Российского государства.

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, когда в русских землях активно шёл процесс включения тюркской знати и служилых людей в состав дворянства. Многие выходцы из Золотой Орды, а также потомки печенегов и половцев, принимая православие или оставаясь мусульманами, получали земли и чины, а их потомки закрепляли родовое имя в форме русской фамилии. Айнетдиновы — одна из тех фамилий, чьё восточное происхождение прослеживается прямо по имени родоначальника, без дополнительных гипотез.

Географически фамилия Айнетдиновы чаще всего встречается в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это объясняется историческим расселением тюркоязычных народов, у которых имя Айнетдин (Гайнутдин) было и остаётся распространённым. В отличие от многих фамилий, утративших связь с исходным именем, Айнетдиновы сохраняют прозрачную этимологию, что делает фамилию ценным памятником восточной письменности и культуры на русской почве.