Фамилия Айсубекова — редкий для русского ономастикона случай, когда тюркская основа прошла через стандартную модель обрусения. Она патронимическая: образована от мужского имени Айсубек с помощью притяжательного суффикса -ов (в женском роде — -ова). Такая схема «личное имя + суффикс принадлежности» типична для фамилий, которые в XIX–XX веках фиксировали у крещёных народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии при переходе на русскую документальную систему.

Имя Айсубек — сложное, трёхкомпонентное. Первая часть «ай» (луна) и «су» (вода) в тюркской антропонимике нередко выступают в именах-оберегах или поэтических прозвищах: луна символизирует красоту и свет, вода — чистоту и жизнь. Третий корень «бек» (господин, князь) указывает на знатное происхождение или уважаемый статус. Скорее всего, имя Айсубек давали с пожеланием благородства и чистоты, и означало оно что-то вроде «светлый, как луна и вода, господин». Важно, что «бек» в имени не гарантирует дворянства: к XIX веку этот компонент часто утратил иерархический смысл и стал просто частью традиционного именования.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где тюркские языки соседствуют с русским, — Татарстану, Башкортостану, Казахстану, Дагестану. Сословно предки носителей могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми. Уникальность фамилии в том, что она сохраняет редкую основу: сочетание «ай» и «су» в одном корне встречается нечасто. Сравните с однокоренными Айсулов или Айсубаев — они тоже редки и указывают на ту же антропонимическую традицию, где имена составлялись из двух значимых тюркских слов, а не заимствовались из арабского или персидского. Споров о происхождении нет: фамилия однозначно тюркская, русифицированная через суффикс.