Фамилия Айсубакова — женская форма фамилии Айсубаков, и её разговор стоит начать не с корня, а с модели, по которой русский язык «приручил» тюркское имя. Суффикс -ов здесь работает как стандартный патронимический маркер: «чей?» — «сын (или потомок) Айсубака». Это привычный способ адаптации иноязычных имён в русской среде, особенно среди крещёных или обрусевших тюркских народов.

Основа фамилии — мужское личное имя Айсубак, распространённое у татар, башкир, казахов. Оно составное и легко делится на две части: «Ай» (луна, месяц) и «Субак». В тюркской ономастике «Ай» — частый компонент, означающий красоту, свет, чистоту, а иногда и связь с небесным светилом. Вторая часть — «Субак» — менее прозрачна. Скорее всего, это диалектная форма от арабского имени Субхан (пречистый, славный) или от тюркского слова «субак» (в некоторых говорах — «просящий», «нищий», но в контексте имени — «смиренный», «богобоязненный»). Таким образом, имя Айсубак можно перевести как «чистый, как луна» или «лунный смиренный». Главная загадка фамилии — точное значение второй части имени, которое сегодня можно восстановить лишь предположительно.

С географической точки зрения фамилия редкая, но не единичная. Её носители встречаются в основном в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и в некоторых регионах Казахстана, граничащих с Россией. Это указывает на то, что предки, скорее всего, были крещёными или обрусевшими татарами (кряшенами) либо башкирами, принявшими православие: русский суффикс -ов редко присоединяют к мусульманским именам без перехода в русскую культурную среду. В отличие от фамилий с прозрачным ремесленным или географическим корнем, Айсубакова — чисто патронимическая, образованная от личного имени предка.

Интересная деталь: ударение может падать как на второй слог (Айсу́бакова), так и на третий (Айсуба́кова), в зависимости от местного говора. Второй вариант ближе к тюркскому произношению, где ударение часто фиксировано на последнем слоге основы.