Фамилия Айсуаков образована от башкирского мужского имени Айсуак. Вероятно, этимология имени восходит к алтайским словам «ай» («дрожащий») и «суваг» («проток»). Таким образом, имя Айсуак переводится как «бегущий (дрожащий) проток».