Фамилия Айсуаков образована от башкирского мужского имени Айсуак. Её основа — тюркское составное имя, которое, скорее всего, связано с алтайскими словами «ай» («дрожащий») и «суваг» («проток»). Имя Айсуак в таком случае означает «бегущий (дрожащий) проток» — образное прозвище, которое могли дать человеку, жившему у быстрой реки или отличавшемуся подвижным, беспокойным нравом.

Фамилия построена по стандартной для тюркских языков модели: к основе имени добавляется русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к роду («сын Айсуака»). Такая модель массово закрепилась у башкир и татар в XIX — начале XX века, когда при переписях населения и паспортизации имена переводили в фамилии по русскому образцу.

Встречается ли фамилия за пределами Башкортостана — данных нет; скорее всего, она редкая и привязана к одному роду или нескольким родственным семьям. В отличие от более частых фамилий на -ов с прозрачной семантикой (например, от названий ремёсел), Айсуаков уникален тем, что сохраняет в основе архаичное тюркское слово «суваг», которое в современном башкирском языке почти не употребляется. Если вы носите эту фамилию, то, вероятно, ваши предки жили в горной или лесостепной местности, где протоки и ручьи были заметными ориентирами.