Фамилия Айсаков — редкий случай, где географический и этнический след почти полностью перевешивает прозрачность внутренней формы. В центральной России и на севере её почти не встретишь, а вот в Башкортостане, Татарстане и Оренбуржье она попадается регулярно. Уже это подсказывает, что корень, скорее всего, не славянский, а тюркский.

Основа фамилии — личное имя Айсак. В тюркских языках «ай» означает «луна», а «сак» — «осторожный», «берегущий» или «чистый». Вместе имя можно перевести как «луноликий» или «светлый, как луна», но в бытовом обиходе оно чаще служило пожеланием ребёнку быть осмотрительным, «сбережённым луной». Такие имена-обереги были распространены у башкир и татар. Суффикс -ов в фамилии — типичный русский патронимический формант, который добавили при оформлении документов в XIX — начале XX века, когда тюркские народы массово получали фамилии по русскому образцу. То есть Айсаков — буквально «сын Айсака».

Интересно, что фамилия почти не встречается в старых дворянских родословных книгах. Её носители — в основном крестьяне и тептяри (сословие, близкое к государственным крестьянам, но с сохранением племенной организации) из юго-восточных уездов Уфимской губернии. В метрических книгах начала XX века Айсаковы записаны как «башкиры-вотчинники» или «мещеряки» — это указывает на принадлежность к коренным народам Приуралья, а не на пришлое русское население. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Айсаков стоит в одном ряду с Айсариным и Айсуваковым, но отличается тем, что в его основе — готовое личное имя, а не прозвище по качеству.

Есть и более редкая, маргинальная версия: от тюркского «айсак» — «хромой», «ковыляющий». Она менее правдоподобна, потому что в таком случае фамилия писалась бы с глухим «х» на конце или имела бы параллели вроде Айсахметов, где «сак» — часть сложного имени. И всё же полностью исключать прозвищное происхождение нельзя: в некоторых говорах «айсак» фиксировали как насмешливое прозвание человека с характерной походкой. Но основная масса носителей, судя по архивным данным, ведёт род от человека по имени Айсак, а не от хромого соседа.