Фамилия Айсаева — типичный пример тюркской модели образования фамилий, где к основе имени или прозвища добавляется русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Основа здесь — тюркское мужское имя Айсай. Его разбирают по двум корням: «ай» (луна, месяц) и «сай». В древнетюркском у «сай» несколько значений: «ручей», «овраг» и, что важно, «хороший, красивый». Переносные значения «ай» тоже богаты: «святой», «чистый», «светлый», «дорогой», «счастливый» — не только «лунный».

Самая прямая версия значения имени Айсай — «красивая река» (от «ай» как «красивый» + «сай» как «ручей»). Но есть и другая: в тюркской традиции компонент «ай-» нередко давали детям, родившимся в лунную ночь, подчёркивая время появления на свет. Тогда имя можно перевести как «красивый мальчик, родившийся в лунную ночь». Обе версии правдоподобны и не противоречат друг другу — они просто подчёркивают разные смысловые акценты.

Не исключено, что фамилия пошла не от личного имени, а от прозвища или топонима. Человека могли прозвать «Айсай» за то, что он жил у красивого ручья или пришёл из селения с таким названием. Подобные ойконимы встречаются в тюркоязычных регионах.

Среди носителей фамилии выделяется киргизский музыкант Жусуп Айсаев. Он играет в популярных киргизских коллективах и руководит фольклорным ансамблем «Достук» («Дружба»). Это подтверждает, что фамилия органично бытует в Киргизии и среди народов, говорящих на тюркских языках.

Точное время и место возникновения рода Айсаевых без генеалогических исследований не установить — фамилии у тюркских народов складывались постепенно, часто уже в XIX–XX веках, когда фиксировались в документах. Но основа — имя Айсай — древняя и прозрачная по смыслу.