Фамилия Айсаевы происходит от тюркского имени Айсай, которое состоит из двух корней: «ай» («луна», «месяц») и «сай» («ручей», «овраг»). В древнетюркском языке у слова «ай» были и переносные значения: «красивый», «святой», «чистый», «светлый», «счастливый». А «сай» могло означать «хороший», «красивый». Поэтому имя Айсай переводят и как «красивая река», и как «красивый мальчик, родившийся в лунную ночь». Компонент «ай» традиционно добавляли к именам детей, появившихся на свет при сиянии луны.

Фамилия относится к древнему типу восточных фамилий, которые вели начало от тюркских народов — выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. Корни фамилии уходят в XV–XVII века, когда инонациональные основы активно проникали в состав русских фамилий. Этому способствовал исторический факт: многие дворяне в России были нерусскими по происхождению. Сведения о восточном родоначальнике фамилии Айсаевы подтверждаются самим именем.

Не исключено, что в основе фамилии лежит не личное имя, а прозвище, данное человеку, жившему у реки или оврага, либо выходцу из населённого пункта с названием Айсай. В любом случае, фамилия Айсаевы — памятник восточной письменности и культуры. Известный носитель фамилии — киргизский музыкант Жусуп Айсаев, руководитель фольклорного ансамбля «Достук» («Дружба»).