Фамилия Айсуакова — редкий случай, когда основа не просто неочевидна, а почти наверняка не славянская. В русской ономастике её относят к тюркским фамилиям, и ключ к разгадке лежит в мужской форме — Айсуаков.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ов/-а указывает на патроним — «чей?» — «дочь или жена Айсуака». Основа Айсуак, скорее всего, сложное имя. В тюркских языках «ай» означает «луна» (часто встречается в именах как символ красоты, света), а «суак» или «суак» может восходить к слову со значением «вода» или «река» (ср. татарское «су» — вода). Более вероятно, что вторая часть — это «суак» (уменьшительная форма от «су»), либо диалектный вариант. Таким образом, имя Айсуак могло значить «лунная вода» или «светлая река» — поэтичное прозвище, которое давали человеку с чистой душой или светлыми волосами.

Встречается фамилия в основном в Татарстане, Башкортостане и среди казанских татар, что подтверждает её булгаро-татарские корни. Носители фамилии, вероятно, происходят из крестьян или служилых татар, которые в XVI–XVII веках получали фамилии по имени отца. Сословно это, скорее всего, были государственные крестьяне или мелкие торговцы. В отличие от многих русских фамилий на -ов, которые образовывались от крестильных имён, Айсуакова сохранила доисламское тюркское имя, что говорит о давней истории рода, не затронутой русификацией.

Если сравнивать с однокоренными, то в той же среде бытуют фамилии Айсулов (от «ай» + «сул» — красивый), Айтуганов (от «ай» + «туган» — родич луны). Айсуакова стоит особняком: в ней нет ни религиозного подтекста, ни явного указания на занятие — только образ, застывший в имени. Споров о происхождении почти нет: лингвисты единодушно относят её к тюркским патронимам, а попытки вывести из русского «айс» (лёд) или «ак» (белый) ошибочны — это калька с чужого языка без учёта фонетики.