Фамилия Айсякаев — редкий пример русской фамилии, образованной от тюркского имени по модели, характерной для народов Поволжья. Её основа — мужское личное имя Айсякай, которое представляет собой уменьшительно-ласкательную форму от имени Айсяк. В свою очередь, Айсяк — это вариант имени Айсылу или Айсылуар, где «ай» переводится с татарского и башкирского как «луна», а вторая часть может означать «красавица» или «возлюбленный». Таким образом, имя несло пожелание красоты, сравнимой с лунным светом.

Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Айсякаев буквально значит «сын Айсякая». Такая модель (основа на -ай + суффикс -ев) типична для тюркских фамилий, которые вошли в русский обиход в XIX — начале XX века, когда крестьяне и мещане получали фамилии по имени отца. Если бы фамилия оформлялась по татарской традиции, она звучала бы как Айсякай улы или Айсякаев, но в русской записи закрепился именно второй вариант.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану. В этих регионах распространены фамилии с корнем «ай»: Айбатов, Айдаров, Айсин. Айсякаев стоит в этом ряду особняком из-за редкой суффиксальной цепочки -як-ай, которая не встречается в массовых фамилиях. Вероятно, предок носителя фамилии был известен в своей деревне под ласковым прозвищем Айсякай — возможно, так звали младшего сына или человека с мягким характером.

Сословная принадлежность первых Айсякаевых не документирована, но по косвенным признакам можно предположить, что они были государственными или ясачными крестьянами, а не служилыми татарами: фамилии на -ев с тюркской основой чаще получали именно крестьяне в ходе переписей. В советское время фамилия не исчезла, но осталась малочисленной — в современных базах данных встречается не более нескольких десятков носителей, в основном на Южном Урале.