Фамилия Айтматов — одна из тех, что сразу выдают тюркское происхождение, но при этом выбиваются из привычного ряда русских фамилий на -ов. Её основа — личное имя Айтмат, которое в тюркских языках (особенно в киргизском, казахском, каракалпакском) складывается из двух частей: «ай» (луна) и «мат» — сокращение от арабского «Мухаммад» (восхваляемый). Вместе имя Айтмат трактуется как «лунный Мухаммад» или «подобный луне Мухаммад». Это типичная для мусульманского Востока составная антропоформа, где к сакральному имени пророка добавляют поэтический эпитет.

Русский суффикс -ов, которым оформлена фамилия, — показатель патронимической модели, принятой у народов Российской империи для адаптации инородных имён. То есть Айтматов — это буквально «сын Айтмата» или «потомок Айтмата». Такие фамилии массово закреплялись во время переписей и паспортизации в XIX — начале XX века, когда кочевое население Средней Азии получало документальные фамилии по имени отца.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Киргизии. Именно здесь она стала широко известна благодаря Чингизу Айтматову — писателю, чьи романы («Плаха», «Буранный полустанок») переведены на десятки языков. Однако до его литературной славы фамилия была рядовой: её носителями были скотоводы, крестьяне и ремесленники из южных регионов Кыргызстана и прилегающих территорий Узбекистана.

Интересная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий на -ов, которые образованы от имён с твёрдым конечным согласным (Амангельды — Амангельдиев), здесь основа (Айтмат) не подверглась русификации — сохранила исходное звучание. Это говорит о сравнительно позднем оформлении фамилии, когда письменная фиксация уже не требовала переделки имени на русский лад. Сравните с фамилией Айтмухамбетов (где «мухамбет» — тот же Мухаммад) — там структура сложнее, а у Айтматовых она лаконичнее.

Спорных версий происхождения у этой фамилии почти нет. Изредка встречается попытка вывести «мат» от киргизского «мат» (глина) — якобы «лунная глина», но это натяжка: в тюркской антропонимии арабские заимствования через ислам многократно перевешивают бытовую лексику. Надёжнее придерживаться имени Айтмат, зафиксированного в мусульманских именословах.