Фамилия Аюбаев — достаточно редкое явление в русском ономастиконе. Её основа — личное тюркское имя Аюб, которое восходит к арабскому Айюб (библейский и коранический пророк Иов). В тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, имя Аюб или Аюп встречается повсеместно, а суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилии: «сын Аюба» или «принадлежащий Аюбу». Формально фамилия укладывается в схему, типичную для крещёных татар, башкир и других народов Поволжья, чьи фамилии русифицировались в XIX веке.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов, которые образуются от имён на твёрдый согласный, здесь мы видим суффикс -ев, что автоматически говорит о том, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий звук. Имя Аюб в произношении многих тюркских групп звучит как «Аюп» или «Айюп», но в русской записи закрепился вариант с «б». Если бы фамилия писалась как «Аюпов», она была бы ожидаемой формой от «Аюп». Наличие «б» может указывать на арабское книжное влияние при записи имени в метриках или на устойчивую местную традицию произношения.

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану, Татарстану и Оренбургской области. В дореволюционных списках она встречается среди тептярей и башкир-вотчинников. Социальный срез предков — скорее всего, крестьяне или сельские жители, получившие фамилию по имени отца при переписях XIX века. Никаких дворянских корней или привязки к известным историческим родам у Аюбаевых не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от простонародных имён.

Словообразовательно фамилия прозрачна, но её редкость делает её ценной для локальной генеалогии. Если вы носитель этой фамилии, поиск стоит начинать в метрических книгах южного Урала и Приуралья — там концентрация Аюбаевых будет наибольшей.