Фамилия Аючин — редкая и географически привязанная к Поволжью и Уралу. Её основательнее всего разбирать как русскую по форме, но тюркскую по корню. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Аючин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Аюча.

Корень «аю» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «медведь». Уменьшительно-ласкательная форма «Аюча» — «медвежонок», «медведик». Такие прозвища в тюркской среде давали либо за внешнее сходство (крупный, косолапый, мохнатый), либо как охранительное имя: считалось, что имя сильного зверя отпугивает злых духов и дарит ребёнку здоровье. В русских документах XVI–XVII веков встречаются татарские и башкирские имена Аюк, Аюш, Аюка — все они восходят к тому же корню.

Фамилия Аючин могла возникнуть двумя путями. Первый: русские писцы, переписывая тюркское прозвище Аюча, прибавили к нему стандартный русский суффикс -ин, получив фамилию для главы семьи. Второй: носитель фамилии — обрусевший потомок татарского или башкирского служилого человека, который получил фамилию по отцу уже после крещения. На это указывает и география: большинство Аючиных живёт в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях.

В отличие от фамилий на -ов (Аюпов, Аюкаев), форма с -ин встречается реже и часто свидетельствует о более ранней или более тесной ассимиляции носителя в русскую среду. Если бы фамилия была образована напрямую от тюркского «аю» с русским суффиксом, мы бы получили Аюев, но здесь мы видим именно прозвищную форму с уменьшительным компонентом.

Сведений о дворянском происхождении Аючиных нет, фамилия не входит в родословные книги. Скорее всего, предки были крестьянами, казаками или служилыми людьми по прибору — стрельцами, пушкарями, толмачами. В архивных записях XIX века Аючины встречаются среди государственных крестьян Казанской и Уфимской губерний.