Фамилия Аюдуев — редкая и неочевидная по происхождению. Чтобы понять её корни, нужно смотреть не только на звучание, но и на возможные языковые и региональные связи.

Основа фамилии — «Аюдуй» или «Аюду». Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный или «-й». В данном случае перед нами, скорее всего, патроним — «сын Аюдуя». Само же имя или прозвище «Аюдуй» почти наверняка имеет тюркские или монгольские корни. В тюркских языках «аю» (или «айу») означает «медведь». Это распространённый компонент в личных именах у башкир, татар, казахов и других народов: Аю, Аюп, Аюкай. Вторая часть — «дуй» — может восходить к тюркскому «туй» (праздник, пир) или к глагольной форме со значением «родился», «стал». Таким образом, имя Аюдуй могло означать «медвежий праздник» или, по другой версии, быть сложением из «аю» и древнего тюркского «ду» (род, племя) — «из рода медведя».

Есть и более простая гипотеза: фамилия могла возникнуть из искажённого при записи имени Аюдей, где «-ей» — уменьшительный суффикс. В таком случае Аюдей — это ласковое прозвище от тюркского «аю»: «медвежонок», «медведик». Подобные прозвища давали за силу, крупное телосложение или медлительность.

Географически фамилия Аюдуев встречается преимущественно в регионах с сильным тюркским влиянием — на Урале, в Поволжье (особенно в Башкортостане и Татарстане), а также среди кавказских народов, например у кумыков. В русских документах XVIII–XIX веков такие фамилии нередко фиксировали у крещёных татар или башкир, переходивших в православие, а также у казаков, смешанных с местным населением.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду с гораздо более частыми Аюпов, Аюкаев, Аюшеев, но отличается редкостью суффиксального оформления. Если Аюпов прямо говорит об отце по имени Аюп (арабское имя пророка Иова, переосмысленное через тюркское «медведь»), то Аюдуев — более архаичная и локальная форма, не привязанная к исламскому именнику, а к чисто тюркской антропонимии. Встретить такую фамилию — значит почти наверняка столкнуться с потомками людей, носивших древнее родовое прозвище, а не каноническое имя.