Фамилия Аюханов происходит от тюркского мужского имени Аюхан. Это имя составное: первая часть, «аю», означает «медведь». Вторая часть — «хан» — в кочевых культурах Ирана и Афганистана обозначала вождя племени, а в более широком смысле — господина или повелителя. Соединение этих слов в имени — не редкость для тюркской ономастики, где «хан» часто выступает как усилительный компонент, придающий имени вес и значение.

Скорее всего, имя Аюхан давали мальчику с пожеланием вырасти крепким, как медведь, и стать надёжным защитником семьи и рода. «Медведь» в тюркских культурах — не только символ силы, но и тотемный зверь, поэтому имя могло нести и охранительный смысл.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Аюхан добавили суффикс принадлежности -ов, что буквально означает «сын Аюхана» или «из рода Аюхана». Этот суффикс — самый распространённый в русских фамилиях, но здесь он наложился на нетипичную для славян основу, что сразу указывает на тюркские корни рода.

Фамилия Аюханов встречается преимущественно у народов, говорящих на языках кыпчакской группы: у казахов, башкир, татар. География бытования подтверждает, что предки носителей этой фамилии жили на территории современных Казахстана, Башкортостана или Татарстана. В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, когда оседлые тюркские семьи начали получать фамилии по отцу.