Фамилия Аюхановы образована от тюркского мужского имени Аюхан. Это составное имя: первая часть «аю» переводится как «медведь», вторая — «хан» (вождь племени, правитель). Скорее всего, имя Аюхан давали мальчику с пожеланием вырасти крепким, сильным, как медведь, и стать надёжным защитником для своих близких.

По типу фамилия относится к древним восточным, которые начали входить в русскую среду ещё в XV–XVII веках. Носителями таких имён и прозвищ были выходцы из Золотой Орды, а также потомки печенегов и половцев. Многие дворянские роды в России имели нерусские корни, что и объясняет появление фамилии Аюханов в русских родословных. Сведения о восточном происхождении этой фамилии считаются достаточно точными, поскольку её основа — конкретное тюркское имя, а не нарицательное слово.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Аюханов — буквально «сын Аюхана» или «потомок Аюхана». Фамилия закрепилась в патронимической форме, типичной для русских фамилий, образованных от имён. Таким образом, Аюхановы — это род, ведущий начало от человека по имени Аюхан.