Фамилия Айыпова — редкая для русской ономастики, и её происхождение напрямую указывает на тюркские корни. В основе лежит мужское имя или прозвище Айып, которое восходит к тюркскому слову «айып» — «стыд, позор, порок». На первый взгляд это звучит как негативная характеристика, но в традиционных культурах подобные имена нередко давали с обережной, охранительной целью: считалось, что «плохое» имя отпугнёт злых духов и отведёт от ребёнка настоящие несчастья. Таким образом, Айыпом могли назвать младенца, чтобы он рос здоровым и благополучным, — это типичная для многих народов практика «имя-оберег».

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов-, который добавлялся к тюркским основам при адаптации в русскую среду. Суффикс -а указывает на женскую форму, то есть Айыпова — это «дочь (или жена) Айыпа». Мужской вариант — Айыпов. В русском языке такая модель закрепилась в XIX–XX веках, когда представители тюркских народов (татары, башкиры, казахи, киргизы) попадали в состав Российской империи и их фамилии оформлялись по русскому образцу.

Географически фамилия встречается преимущественно в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, в Оренбургской и Челябинской областях, а также в Казахстане и Киргизии. Из-за редкости фамилии её носители, скорее всего, принадлежат к одному или нескольким родственным родам. В отличие от массовых русских фамилий, Айыпова не имеет вариантов написания через «е» или «и» — ударение устойчиво падает на первый слог: А́йыпова.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в тюркских языках есть аналоги — Айыпов, Айыпбаев, Айыпбеков. Все они образованы от той же основы «айып», но с разными дополнительными компонентами (например, «бек» — господин). Фамилия Айыпова — более простая, без второго корня, что указывает на её более раннее или более прямое происхождение от личного имени.