Фамилия Бабамуратова — редкий пример тюркско-персидского именования, адаптированного русской патронимической системой. Её основа — составное личное имя Бабамурат, где первая часть «баба» в тюркских языках означает «отец, дед, почтенный старец» (часто использовалась как почтительное обращение или компонент имени), а вторая — «мурат» (от арабского «мурад» — «желанный, цель»). Таким образом, имя Бабамурат можно перевести как «почтенный (как отец) Мурат» или «желанный предок». Это типичный для Средней Азии и Кавказа способ образования сложных имён из двух значимых элементов.

Фамилия образована по русской модели: к основе Бабамурат добавлен патронимический суффикс -ов (в женском роде -а). Такое оформление характерно для многих тюркских и мусульманских фамилий, которые фиксировались в документах Российской империи в XIX–XX веках. Носительница фамилии — женщина; мужской вариант — Бабамуратов.

Географически фамилия Бабамуратова тяготеет к регионам, где распространены узбекский, туркменский, каракалпакский и отчасти таджикский языки. В России она встречается редко, чаще — в Узбекистане, Туркменистане и среди выходцев из этих стран. Скорее всего, предок носительницы фамилии не был дворянином или духовным лицом: суффикс -ов в тюркских фамилиях чаще всего присваивался крестьянам и ремесленникам при переписях или получении паспортов.

Интересная деталь: имя Бабамурат могло быть не только личным, но и прозвищным. В тюркской среде «баба» иногда обозначало странствующего дервиша или наставника (аналог «ата» у суфиев). Если предок носил такое прозвище, фамилия могла указывать не на родство, а на социальную роль — «сын (или потомок) дервиша по имени Мурат». Однако более вероятно, что это обычное двусоставное имя, каких много в ономастиконе народов Центральной Азии (ср. Бабаджан, Бабакулов, Муратбаев).