Фамилия Бабарухина — женская форма фамилии Бабарухин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Бабаруха. Основа здесь — «баба», но не в современном бытовом смысле, а в древнерусском: женщина, жена, а также мать. Суффикс «-ух(а)» в восточнославянских прозвищах указывал на носителя яркого, часто внешнего или поведенческого признака. Сравните: «толстуха», «веселуха». Соответственно, Бабарухой могли прозвать либо женщину с заметными «бабьими» чертами — дородную, хозяйственную, либо, наоборот, мужчину, который много времени проводил среди женщин или занимался «бабьей» работой (например, нянчился с детьми, пока жена работала в поле). В русских говорах слово «бабаруха» встречается и как название рыбы (ерша), и как диалектное обозначение болотной кочки, но прозвищное происхождение от человека всё же выглядит основным.

Словообразовательная модель типична для русского севера и северо-востока: фамилии на «-ухин» (Бабарухин, Кривухин, Толстухин) особенно часты в архангельских, вятских, вологодских землях. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — Бабарухин, то есть сын Бабарухи. Это отчество второго порядка, застывшее в фамилии. Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Бабакин (от «бабака» — увалень) образована иначе, а Бабарыкин (от «бабарыка» — болтун) — совсем другой суффикс, хотя корень тот же.

Исторически носители фамилии Бабарухины — скорее всего, крестьяне или посадские люди, не дворяне. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков такие фамилии редко фиксировались, так как у крестьян их ещё не было, а прозвище Бабаруха могло передаваться внутри семьи. В современной России фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях, но точную географию бытования без сплошной выборки по базам данных указать сложно. Спорных версий у фамилии немного: попытка возвести её к тюркскому «баба» (отец, дед) маловероятна, так как суффикс «-ух(а)» — чисто славянский, и тюркская основа дала бы другую форму (например, Бабаев).