Фамилия Бабаяров — типичный пример сложения тюркского корня с русским патронимическим суффиксом. Её основа — имя или прозвище Бабаяр. Разбираем по частям: «баба» в тюркских языках означает «отец», «дед», «предок», а также уважительное обращение к старшему или наставнику. Вторая часть «-яр» — распространённый в тюркской ономастике компонент, восходящий к персидскому «яр» (друг, товарищ, возлюбленный). Таким образом, Бабаяр — сложное имя со значением «друг отца» или «почтенный друг», а возможно, и «дедов друг». Встречается и вариант, где «яр» — это глагольная основа со значением «гореть, пылать», но для личных имён первая версия предпочтительнее.

Русский суффикс -ов добавляет значение принадлежности: Бабаяров — сын Бабаяра, потомок Бабаяра. По модели образования фамилия стоит в одном ряду с такими, как Байрамов, Муртазаев, Искандаров, где тюркское или иранское личное имя получает русское окончание. Географически фамилия наиболее частотна в регионах, где исторически смешивались тюркское и русское население: в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири, а также в Средней Азии, особенно в Узбекистане и Таджикистане. Среди носителей много людей с узбекскими, татарскими, башкирскими корнями.

Интересная деталь: в некоторых тюркских языках, например в каракалпакском, «бабаяр» могло быть не личным именем, а прозвищем для человека, который ведёт себя по-отцовски мудро или слишком по-стариковски. В этом случае фамилия закрепила не имя, а характеристику предка. Сословной привязки у Бабаяровых нет — фамилия встречается и среди крестьян, и среди купцов, и в среде духовенства, что говорит о её широком бытовании. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не фиксируется, так как её основа не славянская, но в региональных ономастиконах она описана как типичный пример адаптации тюркского имени в русской фамильной системе.