Фамилия Бобаяров — редкая и неочевидная с точки зрения корня. Её основа — Бобаяр — скорее всего, сложное слово, где вторая часть «-яр» восходит к тюркскому «яр» (обрыв, берег, круча) или, что вероятнее, к имени Яр (сокращение от Ярослав). Первая часть «Боба» — уменьшительная или прозвищная форма от Борис (Боря → Боба) или от имени Боб, которое в старину было самостоятельным, хотя и редким. Получается, что Бобаяр — это либо «Боба из Яра» (по месту жительства у обрыва), либо народная форма составного имени вроде Борислав (Боба + Яр).

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Бобаяров буквально значит «сын Бобаяра». Такие фамилии закреплялись в XVI–XVII веках у служилых людей, крестьян и посадских, особенно в северных и поволжских землях, где тюркские и славянские имена легко смешивались. В пользу тюркского влияния говорит и то, что вторая часть «-яр» встречается в башкирских и татарских фамилиях (Бикьяров, Акьяров), а Боба — могло быть заимствованным прозвищем.

География фамилии сегодня — редкие записи в Башкортостане, Татарстане и Оренбуржье. Это подтверждает версию о смешанном русско-тюркском происхождении: предки Бобаяровых могли жить на границе расселения, где прозвище Бобаяр дали человеку, жившему на крутом берегу или носившему двойное имя.

Спорная версия — связь с «бобёр» (через диалектное «бобя»). Она маловероятна: суффиксальная модель не дала бы формы Бобаяр, а скорее Бобров или Бобрин. Поэтому основной вариант — сложение двух основ, одно из которых личное имя или прозвище.